Comme les sols, les lacs, les rivières et les eaux souterraines peuvent être contaminés par des contaminants organiques. L'usage de fumier et de lisier, qui servent à enrichir le sol, contaminent aussi les eaux. Les rejets d'eaux usées, les fosses septiques défectueuses et l'enfouissement des déchets sont aussi une source de pollution organique. En effet, les excréments humains et ceux des animaux contiennent des microorganismes potentiellement pathogènes. De plus, les engrais, qu'ils soient chimiques ou naturels, libèrent des phosphates et des nitrates qui sont la cause principale de l'eutrophisation des lacs. 

Les contaminants inorganiques sont habituellement des métaux lourds (plomb, zinc, mercure, arsenic, nickel cadmium) issus du lessivage de sols contaminés. Ainsi, la pluie et le ruissellement transportent les contaminants issus de l'activité minière, de l'activité industrielle, de l'enfouissement des déchets ou de la dégradation de réservoirs souterrains mal entretenus ou laissés à l'abandon. Le principal danger d'une telle contamination est que ces métaux sont ingérés par les organismes vivants, remontent la chaîne alimentaire et affectent le système nerveux des individus contaminés. L'inondation de vastes territoires dans le cadre de la mise en place de réservoirs retenus par les barrages hydroélectriques peut aussi mener à la contamination de l'eau contenue dans ces réservoirs et des écosystèmes qui s'y établissent. 

Comme pour les contaminants inorganiques, les contaminants nucléaires proviennent généralement du lessivage des sols par l'eau de pluie. Les poussières et particules radioactives proviennent habituellement de l'activité minière et des résidus miniers, mais ils peuvent aussi venir de la retombée de poussières provenant d'usage d'armes atomiques ou d'incidents dans des centrales nucléaires.